六世达赖喇嘛全名为普慧洛桑仁青仓洋嘉措，清康熙二十二年，即藏历第十一饶迥水猪年（1683)3月28日生于西藏南部门隅的宇松。1该地是“乌仗那第二佛祖（即莲花生大师)曾经加持过的宝地，那里遍布密籍宝藏，与边地坎巴顶（今不丹一带)相毗邻，年稔谷粮十三种，林木瑞草花果数不清”。2仓洋喜措之父为乜氏掘藏师白玛林巴（亦称莲花林巴)的后裔持咒喇嘛扎西丹增。
“乜”这一家族，源远流长，出现过无数皎皎者，其中最有名望的当数精通印藏文字的大译师乜·旺久卡热。仓洋嘉措的母亲名次旺拉姆，赞普后裔，系被逐至洛扎地方的法王赤热巴巾的弟兄王子藏玛的后代。3史载她是一位“品德高尚，信仰虔诚，施舍大方，文雅蕴藉，杜绝了五恶，具备八德（即与丈夫志同道合；能多生育子女；等级相当；门第高贵；夫妻和睦；不嫉妒别的女人；不贫嘴薄舌；不邪视；不为别人引诱)的善良贤慧之人。4仓洋嘉措的祖上虽出自名门望族，但到他的父辈时已沦落为贫苦农民。加之他的“舅父顿巴和姑母贪财如狼”，狠心夺走了他家仅有的微薄财产和房屋，使其家被迫从错那宗门拉欧隅松夏措的白嘎村迁到了居达旺的邬金林，并在邬金林寺的旁边用竹竿搭盖了一座简陋的竹棚。仓洋嘉措就诞生在这个竹棚内。
据《金穗》载，仓洋嘉措诞生时，曾出现许多奇异征兆：“虹彩空横，天雨神花，异香扑鼻”，“有许多穿戴华丽宝石的神男神女展现在天幕之上，显现出身着披风和头戴通人冠(即帽顶尖长，左右有飘带，在宗教典礼中常服之)的众多喇嘛，给新生的孩子进行沐浴的景象。刚出生落地……大地震撼三次，突然雷声隆隆，降下风茄花雨，枝绽花蕾，树生叶芽，七轮朝阳同时升起，彩虹罩屋”。5据《方广大庄严经》称：“这位‘一切成’（对佛的尊称)的孩子所具备‘大勇’6者的三十二吉相是：肉髻突兀，头闪佛光，孔雀颈羽色的长发右旋着下垂，眉宇对称，眉间白毫有如银雪，眼睫毛酷似牛王之睫，眼睛黑白分明，四十颗牙齿平滑、整齐、洁白，声具梵音，味觉最灵，舌头既长且薄，颌轮如狮，肩膊圆满，肩头隆起，皮肤细腻，颜色金黄，手长过膝，上身如狮，体如柽柳匀称，汗毛单生，四肢汗毛旋向上，势峰茂密，大腿浑圆，胫如兽王系泥耶，手指纤长，脚跟圆广，脚背高厚，手掌脚掌平整细软，掌有蹼网，脚下有千辐轮，立足坚稳……具有这种吉相的大王不会是转轮王，而应是大慈大悲的观世音菩萨……”。6《不尽智慧所指经藏》第四卷亦云：“他（佛)能回忆起前世的住地，在什么地方，是什么名字，种性，家族，颜色，寿星相貌，等等”。所以他一开始说话就讲：“我不是小人物，而是三界的怙主，殊胜尊者罗桑嘉措”。“我是从拉萨布达拉来，所以要尽快回去了，久已把第巴和众多僧侣抛弃了，也应去朝见‘觉沃仁波切’了”!身边的人问他：“你是什么人？”他说：“我是阿旺罗桑嘉措，虽然有第巴等人众，但我的权力比他们的都大，现在我要到布达拉去了”，等等。这些传说在民间流传开来，很快引起西藏上层的关注。因为在仓洋嘉措出生之前，以五世达赖为首的格鲁派借助和硕特蒙古首领顾实汗的强大军事力量推翻了敌对派噶玛王朝，建立了以格鲁派为主体的噶丹颇章王朝。但是，顾始汗在消灭了噶玛王朝之后，并未离开拉萨，他命其子率部驻牧青海，以加强他所领导的和硕特部的根据地，并将整个康区的赋税用于供给他在青海的部众。而他自己则拥兵坐镇拉萨，并留下了八个旗的蒙古军队驻扎于前藏的达木（今西藏当雄)，归他直接调遣。同时，他还掌握了西藏地方政府中高级官吏的任命权。所以，当时的西藏，事实上形成了蒙古汗王与格鲁派领袖进行联合统治的局面。
与此同时，刚刚入主中原的清王朝忙于巩固政权和稳定时局，无力顾及西藏，只好对既成事实予以默认与许可，并于1653年分别对达赖五世和顾实汗正式进行册封，确立了五世达赖在西藏的宗教领袖地位和顾实汗在西藏政治领袖的地位，凭借清朝的支持，格鲁派的势力遂居于诸教派之上。随着藏区局势的稳定和达赖喇嘛威望的不断提高，及其是顾实汗去世后，其诸子之间由于内讧，迟迟未能确定汗位继承人，和硕特蒙古在西藏的统治地位被削弱。以五世达赖为首的西藏地方政府逐渐独揽了西藏的政教大权，蒙藏贵族联盟趋于瓦解，双方对西藏实权的争夺日趋激烈。到了1679年，五世达赖年事已高，为了预防自己死后噶丹颇章王朝的大权旁落，任命由他多年培养教育的桑结嘉措为第五任第巴。桑结嘉措出任第巴后，凭藉五世达赖的支持和自身卓越的政治才能，进一步增强了西藏地方政府的实力，为了摆脱和硕特蒙古汗王对西藏的控制，他竭力同蒙古准噶尔部噶尔丹建立密切的关系，企图借助噶尔丹的军事力量来牵制和驱逐和硕特蒙古在西藏的势力。1682年五世达赖圆寂时，西藏正与邻近的拉达克交战，桑结嘉措为稳定西藏的社会局势，确保自身已取得的权势与地位，一方面对五世达赖实行秘丧，对外则伪言达赖入定，居高阁不见人，凡事传达赖之命以行”。7另一方面，开始着手秘密寻访五世达赖的转世灵童。以备日后突变的政治局势。仓洋嘉措就是在这种上层统治阶级权力斗争的形势下被寻访、认定和坐床的。1685年，第巴·桑结嘉措密秘派曲吉卡热巴·多伦多吉、多巴·索朗查巴二人，”授给前世殊胜尊者的佛珠等日常用具，秘密寻觅灵童，还下令筹措随从、马骡等事。对外宣谕是为了藏区幸福而去朝圣，如引起别人怀疑就出示证件和卦象，说是为了寻找顶布切·阿旺年扎贝桑波和夏尔康·努门康的转世灵童”。86月5日，曲吉卡热巴·多伦多吉等人从拉萨出发，开始秘密寻觅第五世达赖喇嘛的转世灵童。
扎西丹增家中降生转世灵童的消息传到布达拉后，第巴·桑结嘉措及时批复，严令封锁消息，之后还通过问卜，决定将灵童一家从邬坚林迁居夏沃。灵童被迎往夏沃后，第巴·桑结嘉措派曲米康、萨·拉·绕丹等携带五世达赖的矫诏灵物和印有吉祥太阳标志的哈达、砖茶、一匹象征成就诸事的绿色绸缎等物前往夏沃，对外称保护夏鲁堪钦的灵童。12月11日抵达夏沃后，向灵童的父亲转献谕旨和灵物。据称：灵童看到五世达赖的谕旨说：“这是我的印章，你们得福啦！”十分高兴9。由于当时特殊的社会背景，所以六世达赖的寻访、认定都是在十分秘密的情况下进行的。第巴·桑结嘉措决定采用辨认前世用具的方法来确定“转世灵童”。1686年4月10日，派曲吉卡热·多伦多吉和多巴·索朗坚参等人带上供辨认的真假物品、充足的衣物用具、若干加持物、净水、茯茶以及“吉祥日哈达”作为布达拉宫的公文标志，再次前去措那认定转世灵童。
曲吉和多巴二人到达措那后，在居室内进行了一系列佛事活动，上供下施，对护法神唐坚嘉措举行恕衍请愿仪式。然后让灵童就座，进行洁身，把加持物放入口中。灵童坐姿端庄凝重，并露出兴奋的情态。曲吉和多巴二人说：“我俩是你的仆人，你想着谁，就坐到谁的怀抱里去吧!”灵童毫不迟疑地坐到了曲吉的怀中。宗本甲亚巴拿出两幅画有宗喀巴大师和殊胜尊者五世达赖肖像的唐卡，问道：“你认识这个吗？”灵童看着五世达赖的唐卡，指着自己的鼻子说：“我！”他还辨认出五世达赖用过的镇邪橛，拿到手上说：“这是我的!”寻思了一会儿又说：“我想，我的镇邪橛比这小，这个却大”。翌日，洁身完毕，拿出莲花生大师三人雕像（莲花生作为密教祖师，其雕像一般是三人，中为莲花生，左右各有一女人，据说一是他的印度女人，一是他的吐蕃女人)和精制的嘎玛巴银制雕像后，灵童立即将前者置于头顶，而将后者放在胸下。当拿出乃琼大神赐给甲亚巴的一把弯刀和一条哈达，问这是谁的，他指向了唐卡上的乃琼画像。第三天，将一本《档阿皮朋》和一本漂亮的木刻经书交给灵童，他看着前者说：“这是我的本子，这在布达拉有的是”。并模仿着封面上的图纹用手随意地画了起来，然后打开，从头到尾看了一遍。第四天，拿出崇威高德王的冠冕（可能是五世达赖在顾始汗帮助他用武力统一西藏时所戴的象征武功的寇冕)和班智达的通人冠给他看。他对曲吉说：“通人冠是你的”。之后，他把崇威高德王冠戴到自己的头上。第五天，出示了一把精巧的小刀和另一把五世达赖用过的旧刀，他拿着旧刀说，“这是我的”。接着高兴地取下挂在小刀上面的牙签、剜耳等用了起来。这时曲吉说：“你把新刀子拿去，旧刀子我用”。他说：“新旧刀子的福力是无法比拟的。”第六天，当他人拿出两个装有真言芥子的牛角时，他略一寻思，拣起其中前世用过的一个说：“这是我的”。第七天，人们拿出两个茶碗，让他辨认，他指着其中的一个说：“我的茶碗是这个”。总之，每次辨认遗物时，他都能准确无误的辨认出来，而且进餐时，总要先敬神灵，然后才用餐，连同抓糌粑的姿势也同五世达赖一模一样，这使得前去辨认的曲吉和多巴等人十分感动。此后，灵童的一切生活均由曲吉、索朗坚参和两名朗生服侍，他人不得接近，就连灵童父母也不例外。
1687年正月初一，在措那为灵童安排了较为丰盛的筵席。席间他说：“今明两天在布达拉有很多人聚会，要举行隆重的跳神、祭祀、敬献哈达等活动。”第巴·桑结嘉措在选认灵童后，为了使灵童长久安康，曾颂讼长寿经文，并根据五行星算，进行祈禳、投灵器、赎命等一系列宗教活动；为了使灵童产生学习文字的浓厚兴趣，还在色拉寺、哲蚌寺中向文殊菩萨进行祈祷。
1688年3月7日，第巴·桑结嘉措听取了索朗坚参关于灵童身体形态、言谈举止、神情观感等方面的情况汇报，“欢快异常，百感交集”，为秘寻灵童的成功而十分高兴。25日，又派人送给灵童祜佑神像、净水、茶叶等礼物，并且安排从布达拉宫朗杰扎仓的多巴谿卡，以供神的名义选出精细的糌粑定期送往措那。
仓洋嘉措被第巴·桑结嘉措认定为转世灵童后，就开始接受严格、系统的教育。同年10月1日，灵童开始学习文字。由曲吉教授30个字母，其他内容由仲措·浪卡群登给予讲授。据称，灵童聪明异常，开始当天即掌握上、下加字，并能逐一进行拼读。
从1689年开始，灵童同前世一样，自觉地修持午后不食的戒律，祭奉“九大舞姿神女”之像，并且已有预测吉凶的能力。1690年8月5日，第巴·桑结嘉措派曲吉、珠坚林巴·罗桑欧珠等学问精深的高僧担任经师，指导灵童正式闻习佛法。
1691年2月8日，第巴·桑结嘉措收到了灵童的亲笔信，报告其近况。30日，回赠唐卡、书信、哈达、佛祖释迦牟尼像、法王宗喀巴大师像、莲花生大师三尊像、制胜女神像及平常所用的7副本尊护法神像等物。从此，灵童与第巴之间有了书信往来，他们间的联络全由曲吉和索朗坚参二人来完成。 10月2日开始学习《内、外、别三种时轮》，背诵《九九表》，练习算术和粉板字。自1962年起，措那宗对灵童的服侍更加周密，而且从拉萨不断送来制做精美的各地风味食品、水果、衣服及各种用具等，逢年过节都有贺信和礼品。这时灵童身体健康，学习更加勤奋，曾系统学习了五世达赖著的《土古拉》、仁蚌巴著的《诗镜注释》、《除垢经》、《释迦百行传》等，并在此期间完成了《马头明王修行法》一文的撰写。
1695年，灵童亲自主持了一系列隆重的供祭法事，祭奠众护法神祇，特地向护法神母作了五次祭祀。就在桑结措嘉几乎独揽卫藏地区的一切实权并成功地将和硕特蒙古汗王达赖汗排斥在一边之时，他在西藏的统治却面临着内外两大威胁因素。一方面自1688年起蒙古准噶尔部首领噶尔丹东侵喀尔喀部后，开始南下进攻内蒙。在清朝的坚决抗击下，噶尔丹节节失败，噶尔丹的失败给桑结嘉措带来不利影响。因为在噶尔丹整个东侵和与清朝为敌的战争中，桑结嘉措始终偏袒并站在噶尔丹一边，假借达赖之名屡次在清朝面前为其开脱和作掩护，导致清朝的不满。另一方面随着时间的推移，五世达赖长期“入定”渐渐引起人们的怀疑。桑结嘉措明显感到形势对自己非常不利，采取了主动向清朝靠拢的对策。他于1693年以五世达赖之名请求：“吾国之事皆第巴为主，乞皇上给印封之，以为光宠”10。 1694年康熙帝封给了桑结嘉措一个“王”的爵位，并赐金印，印文为：“掌瓦赤喇怛喇达赖嘛教弘宣佛法王布忒达阿白迪之印”。11就如何迎请灵童来拉萨，并公开五世达赖喇嘛圆寂一事，第巴·桑结嘉措、曲吉·卡热巴、曲本·阿旺西绕、格隆·甲央扎巴、塔姆瓦、阿衮等人聚集在大灵塔——宗喀巴塑像前，诚心祷告，敬请神灵抉择。最后确定迎请的时间为藏历火牛年 (1697)。问卜神旨还称“应首先将灵童迎至布达拉宫，时间应为藏历10月下旬10日内。根据五世达赖与管家索朗绕丹摄政王第一次见面的地点，在聂塘扎西岗地方举行首次会面礼仪为好。”
1697年，清朝彻底击败了噶尔丹，噶尔丹被消灭本身已对桑结嘉措极为不利，而恰逢此时，康熙皇帝又从俘虏口中得知五世达赖喇嘛早已圆寂的消息，十分震怒，立即致书第巴·桑结嘉措，对他匿丧不报，独揽大权的行为进行了严厉责问。饬令第巴奏明达赖喇嘛已故始末。并降旨：“命理藩院檄青海萨楚墨尔根台吉等，谕以噶尔丹败逃及达赖喇嘛已死十六年，第巴匿之，假其言诳诱噶尔丹作乱之故”。12第巴·桑结嘉措接到康熙皇帝的责问书信后，慑于清朝政府的威力，立即派尼玛塘呼图克图等人前往北京报告康熙皇帝，五世达赖喇嘛已于康熙二十一年（1682)圆寂，“即欲奏报，恐生他变，且有达赖喇嘛遗言和护法王之授记，言必至相合之年岁始闻天朝皇帝及众施主，现六世达赖喇嘛于康熙三十六年十二月二十五日坐床，乞皇上暂隐之，勿闻于众”。康熙皇帝接到奏报后，权衡了五世达赖死后西藏的复杂政局面“许为秘之”13。仓洋嘉措就在这种政治风浪中被公诸于世。
与此同时，第巴·桑结嘉措等祈祷护法神多吉扎丹应允，将灵童迎至拉萨，公开宣布“第五世达赖喇嘛业已圆寂，六世达赖喇嘛已经降临人世”。他们首先向灵童的父母作了说明：早年乃凉大护法神曾郑重降旨，“此事与政教大业攸关，必须严加保密”。因此，不能向任何人公开，现在神祇已经允许公开。并向灵童父母敬献了哈达，然后持续十天举行隆重的供祭法事。3月，第巴·桑结嘉措从拉萨派出了卫拉特蒙古军首领扎西嘉措以及朗热僧·旺杰多吉、门巴帕姆·阿旺桑波、唐穷瓦·洛桑等作为迎请六世达赖喇嘛的先遣人员。随后，又从藏军中选派了贡布人嘎恰巴·丹增多吉等人担任护卫任务。4月29日首先向扎西嘉措、二位宗本和唐穷瓦·洛桑等人公开了“秘密”，并严令暂时还得守口如瓶，不得向任何人泄秘。25日，灵童从那措向拉萨启程时，因尚未公开秘密故没有举行大规模的仪式，只是给前来送行的父母、亲戚、官员等人一一膜顶，并回敬哈达。然后通过吉宇、噶举宫、哲古扎西塘、拉钦地、索凯、绒布热玛霍、达龙扎西林、占堆塘等地，经过9天的行程， 5月4日到达浪卡子。浪卡子是第五世达赖喇嘛舅父的庄园，第五世达赖喇嘛曾多次在浪卡子丹增持法殿内讲经。因此，灵童在这里暂住了一段时间。 17日，曲吉来到拉萨，向布达拉宫的世界庄严大金塔、天成殊胜自在佛像、大昭寺和小昭寺内的释迦牟尼金像等敬献哈达，并向第巴·桑结嘉措详细汇报了灵童的行程情况。6月23日，曲吉返回浪卡子，带去了第巴·桑结嘉措赠送给灵童的衣服、用具和赠给其父母的装饰物等，并向灵童报告拉萨方面的情况。 8月25日，灵童在浪卡子会见嘎察寺活佛白玛赤列、管家格隆屯丹、珠林寺活佛久米多吉及其弟迥·贡嘎等人，并赠送了礼品。
29日上午，第巴·桑结嘉措派近臣丹增旺波和公觉绕丹在拉萨主持召集了色拉寺和哲蚌寺的高级首领会议；由恰嘎尔瓦·白玛索朗主持召集布达拉宫等处僧俗官员会议，两处同时宣布：“五世达赖喇嘛实系观世音菩萨，不受生死的限制，但是为了显示当今人的寿命为百岁之限，已于水狗年圆寂。……如今达赖喇嘛的灵童不仅已经降临人世，而且将在燃灯节（藏历十月二十五日)就要迎请登临无畏雄狮宝座之上，要排除一切悲痛，庆贺登位典礼”。14然后传达了记述六世达赖喇嘛转世情况的《悦耳妙音》。还给内部知情喇嘛和高龄喇嘛等赠送了撅印图，观世音的塑像等。下午，派恰嘎尔瓦·白玛索朗和察囊·白玛次仁到哲蚌寺，派拉康巴·多吉诺布和昌杰夏巴·恰多边巴到色拉寺，分别召开僧众会议，传达了五世达赖圆寂的文告及《悦耳妙音》等，并赠送了达赖喇嘛塑像。曲水·乌西瓦到甘丹寺，向僧众传达了《悦耳妙音》等；日喀则宗本门朱巴·仁钦扎西亦向札什伦布寺的僧众传达了《悦耳妙音》，分别向寺僧作了布施、赠送达赖塑像。拉萨市的俗官香仲瓦·多吉和夏尔·扎西二人，在梅朵董热塘广场，向拉萨市民传达了《悦耳妙音》。同时，为了给灵童传授沙弥戒，派冰都达汗翁布前去札什伦布寺迎请五世班禅额尔德尼罗桑益西。
9月10日，五世班禅一行到浪卡子，西藏政府为他举行了隆重的欢迎仪式。17日，灵童在丹增颇章寝宫内与班禅额尔德尼会面，磕头，互敬哈达和礼品。入夜时分，净化沐浴后，在曲吉·卡热色伦多吉、比丘降尖扎巴、塔姆瓦·罗桑曲扎、密宗大师降央群培等高僧面前剃度为僧，随五世班禅额尔德尼罗桑益西出家，受沙弥戒，取法名为“罗桑仁钦仓洋嘉措”。18日，浪卡子地方的民众向仓洋嘉措敬献了哈达及礼品；20日，西藏地方政府举行了隆重的庆典，达官显贵及僧俗人众参加，格西恰巴群培致颂词，班禅额尔德尼赠给仓洋嘉措一条印有文字的长哈达、一尊释迦牟尼佛像，以及金塔、金曼札、金瓶、法衣、白玉茶碗、念珠、缎垫褥、缎靠背、经典书籍等；仓洋嘉措回赠了许多贵重礼品，并且请班禅额尔德尼登上法座，磕头礼拜，以示感谢。班禅额尔德尼走下法座，磕头还礼15。庆典上还表演了音乐、舞蹈，最后进行了诵经等佛事活动。21日，浪卡子各地百姓煨桑、诵经，鼓号齐鸣，旗幡林立，在札什伦布寺管家的引香带领下，迎请灵童的马队缓缓上路。行至达布龙地方午餐。尔后经过牙尔斯、岗巴拉山下、强塘地、强典林寺、德瓦塘等地方，沿途百姓僧俗顶礼膜拜，呈献大量的哈达、金银等礼品。27日，仓洋嘉措一行来到了当年五世达赖喇嘛居住过聂塘扎西岗。这时，丹增达赖汗、第巴·桑结嘉措等率领蒙、藏寺僧俗官员及三大寺代表1000多人前来迎接。他们向仓洋嘉措敬献了哈达、无量寿佛像、长寿经咒、殊胜塔等礼品。28日，仓洋嘉措与前来这里的五世班禅额尔德尼会面，并共同在聂塘扎西岗居住近一个月，除诵经、讲经膜顶等法事活动外，还同第巴·桑结嘉措等共同研究前往拉萨的路线、时间及坐床仪式等事宜。
10月24日，迎请灵童的马队继续前进。中午时分，清朝康熙皇帝的使臣章嘉呼图克图及扎萨克喇嘛等带领百余人前来迎接，同时赶到的还有哲蚌寺的仪仗队，当天夜宿姜塘岗的吉赛鲁定。25日由第巴·桑结嘉措引香带路，迎至布达拉宫噶当姆其寝宫内少憩后，来到布达拉宫司西平措大殿，经过消灾、驱邪、沐浴等仪轨后，登上无畏宝座，举行隆重的坐床典礼。尔后由札什伦布寺的总管洛桑贡布首先代表五世班禅额尔德尼敬献了珍奇宝物、绫罗绸缎等大量贺礼；继而由康熙皇帝派遣的使臣章嘉呼图克图呈献了皇帝封诰、贺礼和敕书，并授予封文，正式认定仓洋嘉措为第六世达赖喇嘛。西藏三大寺的主持、活佛、各级僧俗官员、民众代表及青海蒙古代表等亦参加了庆典，敬献贺礼。下午，在德央厦广场上，进行跳神和歌舞活动。晚上，为纪念宗喀巴大师忌辰，六世达赖仓洋嘉措到布达拉宫神殿朝圣，并在自在观世音佛像前同僧众一起进行祷告……。
30日，五世班禅额尔德尼从札什伦布寺来到拉萨，在布达拉宫传授佛法，并讲述五世达赖喇嘛的生平及其为西藏佛教和众生的幸福所做出的巨大贡献，鼓励仓洋嘉措效法前世，勤奋学习经典，宏传佛法。从此，在桑结嘉措的严格监督下开始了学经活动。
仓洋嘉措的经师主要有五世班禅洛桑益西、甘丹寺大法座卓尼·楚臣达杰、格隆嘉木洋查巴、阿里格列嘉措、德东日甸林巴等人。第巴·桑结嘉措对于仓洋嘉措的学习要求十分严格，多次严令经师等督促仓洋嘉措勤奋精学。自由生活惯了的仓洋嘉措，有时厌学而去散步，经师们尾随，恳求他坐下听经，唯恐第巴追究责任。16在大师们的严格要求下，仓洋嘉措学习了众多的佛教经典，如《根本咒》、《菩萨随许法》、《秘诀》、《供咒经》、《续说》、《生满诫》、《菩提道广略教诫》等。为了督促仓洋嘉措学经，第巴·桑结嘉措还亲自讲授梵文音韵知识。由于桑结嘉措本人“博学并精通五明医药及历算等著述颇多”17因此，这对仓洋嘉措学好经典极为有利。如浩繁卷帙的《甘珠尔》，仓洋嘉措先后学过三遍，第一遍就是由桑结嘉措亲自讲授的。每当仓洋嘉措在学业上有点进步，第巴就万分欣喜，感到莫大安慰。
1699年，第巴·桑结嘉措指名绕降巴扎巴群培等数名格西担任侍读，陪同仓洋嘉措系统学习《辩理初级教程》等因明学、诗学和历算等典籍。所学内容不分派别，诸如萨迦、格鲁、宁玛等各种有成就的经藏、密咒、教规等等无所不学。此后，至三大寺、曲科杰寺等处讲经说法，并且学习了各种金刚舞。
自仓洋嘉措坐床以后，西藏社会内外动荡纷乱，各种矛盾日趋尖锐。尽管五世达赖喇嘛圆寂的消息被宣布后，立即举行六世达赖仓洋嘉措坐床仪式，但还是对西藏蒙藏僧俗要员产生较大影响。特别是蒙古族上层间开始争权夺利。1700年，丹增达赖汗在西藏去世后，加剧了西藏政局动荡。清康熙皇帝对第巴·桑结嘉措将五世达赖圆寂秘不发丧，而拥立新达赖一事甚为动怒，致书斥责，但出于大局，仍予承认，没有追究，并亲派章嘉呼图克图赴藏参加了坐床庆典。后皇帝命令第巴·桑结嘉措经办五世班禅洛桑益西赴京事宜，班禅大师因未出痘而坚辞不去。结果康熙皇帝怀疑又是第巴·桑结嘉措阻碍了班禅“进京之行”，因而对第巴·桑结嘉措失去宠信。在西藏，拉藏汗承袭父王丹增达赖汗的职位后，“以议立新达赖喇嘛，故与第巴交恶”，18同第巴·桑结嘉措的矛盾日趋尖锐，虽经多方调解，终因各自争权夺利而无法和解。又因第巴·桑结嘉措密丧不报，长期独断专权，引起一些僧俗封建主的不满。而这些矛盾错综复杂地集中在六世达赖仓洋嘉措身上，使他常常无端受到牵连。作为仓洋嘉措，虽被第巴·桑结嘉措扶上法王宝座，但政权却仍由第巴·桑结嘉措独揽，这样，自己成为一位“至尊傀儡”。特别是高墙深院、戒律森严的宫庭生活和在严格监督下一味繁重枯燥的宗教学经生活，增加了他对现实的不满和厌烦。原本他又并不看重功名利禄，更不愿为争权夺利而角逐，遂变得懒散起来，且喜好游乐。第巴·桑结嘉措为了能使仓洋嘉措修持圆满，曾反复规劝，督促他的经师和身边侍从严格管教，但结果适得其反，他们之间反而产生了严重隔阂，使得第巴·桑结嘉措也无可奈何。
1702年，第六世达赖仓央嘉措听从第巴·桑结嘉措的劝告，前往后藏至札什伦布寺从班禅大师受比丘戒。6月20日抵达札什伦布寺，驻锡札什伦布寺的坚赞团布寝宫。当班禅大师建议仓洋嘉措在大经堂为全体讲经时，被断然拒绝。班禅额尔德尼又劝说仓洋嘉措趁此机会，受比丘戒，亦被拒绝。他当场表示，不愿授比丘戒。据《五世班禅洛桑益西自传·明晰品行月亮鬘》记载：仓洋嘉措“皆不首肯，决然站起身来出去，从日光殿外向我三叩首，说‘违背上师之命，实在感愧’，把两句话交替说着而去。当时弄得我束手无策。以后又多次呈书，恳切陈词，但仍无效验。反而说‘若是不能交回以前所授出家戒及沙弥戒，我将面向札什伦布寺而自杀。二者当中，请择其一，清楚示知’。休说受比丘戒，就连原先授的出家戒也无法阻挡地抛弃了。最后，以我为首的众人皆请求其不要换穿俗人服装，以近事男戒而授比丘戒，再转法轮。但终无效应”。19他在札什伦布寺住了十余日后返回拉萨。
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注释：
1、2、16黄颢，吴碧云．仓央嘉措及其情歌研究（C)．拉萨：西藏人民出版社，1982．17．487．19．
3恰白·次旦平措．西藏通史[M]．陈庆英等译．拉萨：西藏人民出版社，1998.478．
4、5、8、9、14、15第巴·朵结嘉措．金穗[M]．多尔吉，萧蒂岩译．西藏文学，1986，（8）—（12)．
7、西藏通览[M]．
10清圣祖实录[M]．康熙三十三年辛末条．
11清圣祖实录[M]．康熙三十三年四月丙申条．
12清圣祖实录[M]．康熙三十.
13、18（清)魏源．圣武记[M]．卷6.8．
17隆多喇嘛全集[M]．木刻板．
19五世班禅洛桑益西自传[M].
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